Încă din vremea lui Ştefan cel Mare, în incinta actualei mănăstiri a existat o biserică din lemn, înconjurată.
Primele dovezi ale existenţei unei mănăstiri în aceste locuri datează de pe timpul lui Ştefan cel Mare, aici existând o mănăstire din lemn înconjurată cu ziduri de piatră. Această primă biserică a fost dărâmată de boierii Carp şi Tautu pentru a-şi împărţi pământul, iar linia de hotar a proprietăţilor lor trecea chiar pe terenul mănăstirii. Călugării care vieţuiau acolo la acea dată şi-au ridicat o altă mănăstire, mai la vale unde apoi s-a format vatra satului Mănăstirea. Zidurile de incintă au fost duse la Ţibăneşti unde se găsesc şi azi.
Actuala bisercă, construită din vălătuci de pământ bătuţi pe schelet de lemn, este ctitoria unor credincioşi din satul Mănăstirea pe nume Calancea şi Sicrieru. Biserica a fost ridicată în anul 1959, dar sfinţită de-abia în anul 1970 când regimul comunist a început să fie mai permisiv cu bisericile. Cei doi ctitori au fost anchetaţi de Securitate şi pentru a scăpa de pedeapsă satul a sărit în sprijinul lor, declarând că biserica a fost clădită cu contribuţii de la toţi sătenii. În interiorul altarului se află Sfânta Masa a primei biserici ridicate aici. Mânăstirea a fost redeschisă abia în anul 1993 de către Arhiepiscopia Iaşilor, ca mănăstire de călugări. La câţiva metri de biserică se află un momnument în amintirea primei biserici clădite aici.